开放协作 | Ailurus Open Express：百万级蛋白表达数据计划

嘿，各位生物开发者、蛋白工程师、科研工作者，以及正在用 AI 设计和改造蛋白的朋友们：

小熊猫生物（Ailurus Bio）正式发起 Open Express，这是我们面向开放科学推出的第一项长期计划。

这一次，我们想做一件看起来很基础、但对整个 AI for Bio、蛋白工程和生物制造都很重要的事情：

为什么从蛋白表达开始？

过去几年，人工智能正在快速改变生命科学。我们已经可以更快地预测蛋白结构，更快地设计和筛选候选序列，也可以用计算方法探索越来越大的蛋白序列空间。

但无论一个蛋白来自哪里，它最终都要回到真实的生物系统中接受检验。

它可能是一个天然存在但难以表达的药物靶标，可能是一个需要改造和放大的工业酶，可能是一个诊断原料、抗原、抗体片段、结合蛋白，也可能是一个全新的 AI 设计蛋白。

真正进入实验室后，一个朴素但关键的问题仍然挡在前面：

这并不是一个小问题。

对于基础研究，蛋白表达决定了后续结构解析、功能验证、抗体筛选、酶学分析能不能开始。对于产业应用，蛋白表达则直接影响产品开发周期、生产成本与放大可行性。

更重要的是，蛋白表达并不是一个可以简单从第一性原理推导的问题。它会受到蛋白序列、密码子选择、载体结构、启动子、标签、宿主细胞状态、培养条件、折叠与降解路径等多种因素共同影响。

许多失败的表达尝试，最后只留在实验记录、公司内部数据库，甚至没有被系统记录下来。

换句话说，AI 生物学今天面临的瓶颈，不只是模型，也不只是算力。

我们还缺少足够开放、结构化、实验真实的生物数据。

Open Express 就是小熊猫生物对这个问题的一个起点。

Open Express 第一季会做什么？

在 Open Express 第一季中，小熊猫生物将从 UniProt 等公开资源中筛选安全、可溶的蛋白序列，并结合 Ailurus vec 表达载体库，在大肠杆菌体系中开展大规模组合表达测试。

我们将重点测量三类信息：

这不是一个只依赖社区投稿的项目。

Open Express 的数据集将来自两个方向：

• 小熊猫生物从公开蛋白数据库中主动筛选和构建的序列集合；
• 科研人员、科学家和生物开发者提交的蛋白兴趣序列。

社区提交会帮助这个数据集覆盖更真实、更有代表性的研究兴趣。

什么样的蛋白适合提交？

Open Express 第一季主要面向：

• 单链蛋白；
• 可溶蛋白或可溶结构域；
• 非保密序列；
• 天然蛋白、突变蛋白、工程化蛋白、AI 设计蛋白或 de novo 蛋白；
• 具有清楚功能描述与安全说明的蛋白；
• 长度在 600 aa 以下；
• 适合在大肠杆菌中进行可溶表达筛选的蛋白。

如何参与？

提交截止日期：2026 年 7 月 31 日。

你可以通过以下方式参与：

提交蛋白兴趣序列

提交安全、非保密、600 aa 以下的可溶蛋白序列。被选中的蛋白将进入测试队列，相关表达数据将在后续公开发布。

成为合作伙伴或赞助方

我们尤其欢迎 DNA 合成、测序、Biofoundry、云计算、AIxBio 生态伙伴，以及支持开放科学的赞助方参与。

帮助我们扩展开放数据生态

如果你有公开蛋白数据库、de novo 蛋白设计平台、自动化实验平台或 AI/ML 建模能力，也欢迎与我们讨论合作方式。

为什么要做这件事？

如果说 PDB 让结构生物学进入了一个可复用、可积累、可训练的时代，那么我们也希望 Open Express 能够成为蛋白表达数据开放化的一个起点。

蛋白表达听起来像一个老问题，但它并没有真正被解决。

它连接着基础研究、药物发现、酶工程、诊断原料、食品与材料、生物制造，也连接着 AI/ML 模型和真实湿实验世界之间的最后一段距离。