NGS 워크 스테이션 운영 기술

NGS (차세대 시퀀싱) 워크 스테이션을 최적화하는 운영 프로세스에서 샘플의 신중한 처리, 엄격한 라이브러리 구성, 시퀀싱 프로세스의 정밀한 제어 및 데이터 분석의 심층 마이닝과 같은 여러 차원에 걸쳐 일련의 미세 작동 기술을 마스터하는 것이 중요합니다. 이 기사는 주요 단계에 대한 몇 가지 작동 팁과 제안을 제공 할 것입니다. 실험의 효율성과 결과의 정확성을 향상시키는 데 도움이되기를 바랍니다.

1. 샘플 처리

1. 샘플 선택 및 준비 :

1> 샘플 품질이 양호하고 오염 된 샘플 또는 오염 된 샘플의 사용을 피하십시오.

2> 실험 요구에 따라 적절한 샘플 유형 (예 : 혈액, 조직, 세포 등) 및 수집 방법을 선택하십시오.

3> 수집 및 처리 중에 외인성 오염을 도입하지 않도록 샘플을 올바르게 저장하고 운송합니다.

2. 핵산 추출 및 정제 :

1> 고품질 핵산 추출 키트를 사용하고 제조업체가 권장하는 추출 단계 및 조건을 따르십시오.

2> 추출 공정 중 작동 시간과 온도 제어에주의를 기울여 핵산의 분해 및 손실을 줄입니다.

3> 추출 된 핵산의 순도 및 농도는 후속 실험의 요구 사항을 충족 시키도록 시험된다.

2. 도서관 건설

1. 조각화 처리 :

1> 시퀀싱 플랫폼의 요구 사항에 따라 적절한 조각화 방법 및 조건을 선택하십시오.

2> 균일하게 분포 된 DNA 단편을 얻기 위해 단편화 시간과 강도를 제어합니다.

2. 수리 및 커넥터 연결 종료 :

1> 끝이 완전히 수리되고 고르지 않은 끝을 피하십시오.

2> 고품질 링커 및 리가 제를 사용하여 링커 연결 효율을 보장합니다.

3> 링커 연결 중에 링커의 자기 연결 또는 비특이적 연결을 피하기 위해 반응 시간 및 온도 제어에주의를 기울이십시오.

3. 라이브러리 증폭 및 품질 관리 :

1> 라이브러리 농도 및 시퀀싱 요구 사항에 따라 PCR 증폭의 양을 조정합니다.

2> 증폭 과정에서 증폭 라운드 수와 조건의 수를 제어하여 과도한 증폭을 피하기 위해 라이브러리 복잡성을 감소시킵니다.

3> 농도, 단편 크기 및 분포와 같은 지표의 탐지를 포함하여 증폭 된 라이브러리의 품질 관리 검출.

3. 시퀀싱 프로세스

1. 시퀀싱 플랫폼 선택 :

1> 시퀀싱 플랫폼의 실험 요구 및 성능 특성에 따라 적절한 시퀀싱 플랫폼을 선택하십시오.

2. 시퀀싱 반응 설정 :

1> 시퀀싱 반응 조건 및 시퀀싱 플랫폼에서 권장하는 단계를 따르십시오.

2> 라이브러리 농도 및 시퀀싱 깊이 요구 사항에 따라 적절한 시퀀싱 처리량 및 읽기 길이를 설정합니다.

3. 시퀀싱 모니터링 및 품질 관리 :

1> 신호 강도, 시퀀싱 정확도 및 읽기 길이 분포와 같은 지표를 포함하여 시퀀싱 프로세스 동안 시퀀싱 품질의 실시간 모니터링.

2> 시퀀서 실패, 시약 오염 등과 같은 시퀀싱 프로세스 중에 발생하는 문제를 적시에 발견하고 해결합니다.

4. 데이터 분석

1. 데이터 전처리 :

1> 저품질 시퀀스 제거, 링커 시퀀스 제거 및 반복 시퀀스 등을 포함하여 원래 시퀀싱 데이터의 품질 관리 및 전처리.

2. 시퀀스 정렬 및 어셈블리 :

1> 정렬 결과의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해 서열 정렬에 대한 적절한 참조 게놈을 선택하십시오.

2> 참조 게놈이 없으면 De Novo 어셈블리를 사용하여 게놈 구조를 수행 할 수 있습니다.

3. 변형 탐지 및 의견 :

1> SNP, Indel, CNV와 같은 돌연변이를 감지하기 위해 전문 변동 감지 도구를 사용하십시오.

2> 감지 된 변이체를 주석 및 분류하여 잠재적 임상 적 중요성 또는 생물학적 기능을 평가합니다.

4. 결과 해석 및 보고서 :

1> 실험 목적과 임상 배경에 따라 결과를 해석하고 분석합니다.

2> 실험 방법, 데이터 품질, 변동 감지 결과 및 결론을 포함하여 명확하고 정확한 결과 보고서를 준비하십시오.

5. 기타 운영 기술

1. 실험 기록 및 아카이브 관리 :

1> 실험 프로세스, 매개 변수 설정 및 결과 데이터와 같은 자세한 정보를 기록합니다.

2> 실험 데이터의 추적 및 보안을 보장하기 위해 완전한 아카이브 관리 시스템을 설정하십시오.

2. 교육 및 기술 지원 :

1> 실험 담당자의 체계적인 훈련 및 평가를 수행하여 NGS 워크 스테이션의 운영 기술을 마스터 할 수 있도록하십시오.

2> NGS 워크 스테이션의 안정적인 운영 및 효율적인 사용을 보장하기 위해 필요한 기술 지원 및 유지 보수 서비스를 제공합니다.

NGS 워크 스테이션을 탐색하고 적용하는 광대 한 분야에서 이러한 운영 기술을 마스터하는 것은 실험의 성공의 열쇠 일뿐 만 아니라 과학적 연구 및 기술 혁신을 촉진하는 중요한 초석이기도합니다. 기술의 지속적인 발전과 응용 프로그램의 심화로 인해 새로운 운영 방법과 모범 사례가 계속 등장 할 것입니다. 따라서 이러한 기술의 지속적인 학습, 적극적인 의사 소통 및 유연한 적용은 모든 NGS 근로자에게 필수적입니다.